два АКБ

[m.a.k.c.]

Здесь все дело во внутреннем сопротивлении батарей. Система с двумя одновременно работающими источниками питания - утопия. Всегда только один источник ЭДС - "генератор", а все остальные - "потребители" (в простых одно-контурных схемах без вентильных развязок). Когда генератор работает, он заряжает обе батареи + питает потребители, когда двигатель заглушен - твоя 100А батарея питает потребители и заряжает 75А АКБ, потому, что его внутренне сопротивление больше и от генератора он заряжается медленнее по времени и ниже пусть даже на какие-то доли вольта, но этого хватает чтобы он из питающего стал питаемым.
Самообман считать, что второй АКБ - увеличит продолжительность работы системы. Второй АКБ может стать всего лишь буфером как и конденсатор.
З.Ы. Вместо двух АКБ лучше поставить одну но большей емкости.