Фирменные диски штампуются.
Штамп получается в процессе фотолитографии: сначала на стеклянном диске с слоем фоторезиста лазером пишут "музычку", а потом после проявки/смывки фоторезиста на этот диск осаждается гальваникой тонкий слой никеля (для прочности). Теперь это и есть штамп. В процессе штамповки он изнашивается, и качество отштампованных дисков в процессе печати падает.
Но это - самые точные копии, всё остальное только хуже.
Лицензиат получает от лейблов скорее всего файл с "музычкой", и изготавливает себе штамп самостоятельно. Точность этого штампа обычно ниже, и ошибок в нём - больше.
Соответственно, лицензионные диски и звучат немного по-другому.