Не, не думаю что с AUX аналог опять в цифру гонится. Скорее всего с линейного входа сигнал попадает на аналоговый коммутатор источников, а с него на аналоговый же регулятор громкости/эквализацию и на выход.
Другое дело, что практически на всех ГУ вход AUX режет сигнал. Страдают низы, почти всегда - высокие. Коррекция вносится умышленно, по-моему.
Так что без перепайки по AUX звучать хотя бы так же как "родной" CD "левый" источник никак не сможет, даже если там и нет двойного преобразования.