С точки зрения грязи - разницы мало, нагнетается или всасывается воздух: раз есть движение воздуха сквозь корпус, он занесёт с собой пыль. (Для защиты нужно ставить фильтры, а ещё лучше - пассивное охлаждение.)
Зато есть разница в давлении воздуха внутри корпуса: при нагнетании давление чуть выше, при вытягивании - чуть ниже. Более плотный воздух отводит тепло эффективнее, разреженный хуже.
Пыль же оседает там, где снижается скорость потока воздуха. Так что установка кулеров на нагнетание и вытяжку одновременно, может быть обеспечит более постоянную скорость воздуха внутри корпуса, а значит есть шанс, что большая часть пыли, взвешенной во входящем потоке воздуха, не сможет осесть внутри, а вытянется наружу. Так что некий смысл в этом есть...
Разве что можно немного поэкспериментировать с производительностью кулеров, пробуя разные производительности на нагнетании относительно вытяжки и/или общую скорость обоих для оптимизации шума, температуры и оседающей грязи.
Ещё имеет значение аэродинамика (направление потоков) внутри корпуса. То есть не всё-равно взаимное расположение кулеров друг относительно друга и относительно крупных деталей на охлаждаемой плате.
P.S. А вообще системы охлаждения, тепломассообмен - хитрая штука, отдельная наука. На одно только это можно убить массу сил и времени. Так что если сильно заморачиваться, то можно никогда систему и не закончить.