расширение указанное в cue и в реальном файле совпадает? Еще могут при равных словах,буквах не совпадать пробелы,точки и т.п.Пока такие рекомендации...
А разбить-CUESPLITTEROM проще - пост34 если че
http://autozvuk.org/forum2/showthread.php?t=1151&page=2
P.S. И ЕАС не любит некоторые кавычки в названиях файлов,если ничего не поможет переименуй файл и отредактируй CUE в духе ...например Вася.wav